Aktualnie znane są trzy metody oczyszczania (regeneracji) filtra DPF oraz FAP.

Pierwsza z nich to regeneracja pasywna, która polega na samoistnym oczyszczeniu się filtra cząstek stałych w ściśle określonych warunkach eksploatacji samochodu. W teorii samochód powinien przez długi czas (ok. 15-20 km) jechać ze stała prędkością w górnym zakresie obrotów, aby obciążenie silnika było możliwie wysokie. W momencie uzyskania wysokiej temperatury spalin (powyżej 350°C) następuje wypalanie zgromadzonych cząstek stałych bez zastosowania jakichkolwiek środków zmierzających do celowego podwyższenia temperatury spalin.

Druga z nich to regeneracja aktywna, która polega na celowym zwiększeniu temperatury spalin poprzez zmianę parametrów pracy silnika. Regeneracja ta przeprowadzana jest w warunkach warsztatowych w przypadku niewystarczającej skuteczności regeneracji pasywnej. Sam proces regeneracji aktywniej nie jest długi, gdyż trwa do 10 minut, a osiągnięcie temperatury spalin przekraczającej 600 °C pozwala skutecznie pozbyć się resztek cząstek stałych.

Trzecia opcja to tzw. regeneracja wymuszona, która musi zostać przeprowadzona przez autoryzowany serwis w momencie, gdy regeneracja aktywna nie przynosi pożądanych efektów. W przypadku, gdy nie uda się przywrócić sprawności filtra cząstek stałych to istnieje tylko możliwość wymiany filtra na nowy.